Die Das numerische Verfahren, das häufig
dafür verwendet wird, ist die Leapfrog-Methode, bei der jeweils
die Geschwindigkeit und die Ortskoordinate als Funktion der Zeit mit Hilfe
des verwendeten Kraftfeldes, der vorherigen Geschwindigkeit und der vorherigen Ortskoordinate
ermittelt werden.
Trajektorie des Molekülsystems
wird in der Moleküldynamik ermittelt durch gleichzeitige Integration
der Newtonschen Bewegungsgleichungen aller Atome des Systems. Die Trajektorie sollte hinreichend lang sein (genügend Zeitintervalle), um ein repräsentatives
Ensemble darzustellen.
Man wählt äquidistante Zeitintervalle
aus und berechnet die Ortskoordinaten an den Intervallgrenzen, die Geschwindigkeiten
in der Intervallmitte.
Das läßt sich durch das Schema
auf der nächsten Seite verdeutlichen.