Zu Beginn einer Moleküldynamik-Simulation müssen die Startkonformation, die Starttemperatur und die Größe des Zeitintervalls festgelegt werden.
Die Startkonformation erhält man aus experimentellen Ergebnissen, theoretischen Berechnungen (z.B. eine Geometrieoptimierung mit dem molekülmechanischen Modell) oder aus einer Kombination von beidem.
Das Zeitintervall legt man nach Art der möglichen Bewegungen fest, üblich ist eine Femtosekunde.
Aus der Temperatur kann man die Startgeschwindigkeiten für den Leapfrog-Algorithmus berechnen.