Hinzu kommt, daß die meisten größeren Moleküle keine starren, sondern flexible Gebilde sind. Die makroskopischen Eigenschaften lassen sich nicht durch eine oder wenige starre Konformationen erklären, sondern durch die Anwendung der statistischen Thermodynamik auf den gesamten Konformationsraum.
Eine Simulation erfordert, daß man sich zunächst für ein Molekülmodell ( Molekülmechanik oder
Quantenmechanik) entscheidet.
Wenn man sich für das molekülmechanische Modell entschieden hat, muß man im zweiten Schritt das Kraftfeld (MMX, Sybyl,...) festlegen. Anschließend muß eine Wahl bezüglich der Methode getroffen werden, mit der der
Konformationsraum durchsucht werden soll (Moleküldynamik, Monte-Carlo-Simulation oder das Verfahren der Distanzgeometrie).