In der Moleküldynamik werden die Newtonschen Bewegungsgleichgungen für das entsprechende Molekül oder System auf der Grundlage des vorher ausgewählten Kraftfeldes gelöst.

Anwendungen der Moleküldynamik sind:

Suche von Konformeren
Berechnung thermodynamischer Eigenschaften
(Generieren statistischer Glossar Ensembles)
Studium der Bewegung von Molekülen
Bekannte Wissenschaftler in diesem Forschungsgebiet sind Lernumgebung verlassen Herman J.C. Berendsen von der Universität Groningen und Lernumgebung verlassen Wilfred F. van Gunsteren von der ETH Zürich, der das Programm Lernumgebung verlassen Gromos entwickelt hat.