Bei dieser Methode wird die erste Ableitung
(der Gradient) und die komplette Hesse-Matrix A des Moleküls numerisch
oder analytisch berechnet.
In den Gradienten und die invertierte
Hesse-Matrix setzt man die Koordinaten der Startgeometrie ein und bestimmt
mit einer Iterationsvorschrift die Koordinaten des nächsten Iterationsschrittes,
bis das Minimum erreicht ist.
Die Iterationsvorschrift lautet:
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Die Newton-Raphson-Methode benötigt weniger Iterationsschritte als die steepest-descent-Methode. Allerdings sind die Berechnung der Hesse-Matrix und deren Invertierung sehr rechenzeitaufwendig. Im Gegensatz zur steepest-descent-Methode konvergiert das Newton-Raphson-Verfahren langsam weit entfernt vom Minimum (divergiert manchmal sogar), es konvergiert aber schneller in der Nähe des Minimums. Deshalb ist eine gute Startgeometrie wichtig.