Auffinden eines Übergangszustandes

Es gibt eine allgemeine Vorgehensweise, wie man einen Übergangszustand verifiziert.

1) Man versucht eine Ausgangstruktur zu finden, die nah an dem tatsächlichen Übergangszustand liegt (good guess).
   
2a) Man führt mit der geratenen Ausgangsstruktur eine Frequenzrechnung durch
2b) Die Frequenzrechnung sollte nur eine negative Frequenz ergeben, ansonsten muß man eine neue Startgeometrie wählen (zurück zu 1)
2c) Ergibt die Frequenzrechnung nur eine negative Frequenz, dann optimiert man die Geometrie der Struktur. Dabei muß man dem jeweiligen Modeling-Programm mitteilen, daß man nicht nach einem Minimum, sondern nach einem Übergangszustand sucht.
   
3a) Die Struktur aus der Optimierung des Übergangszustandes wird noch einmal mit einer Frequenzrechnung auf genau eine negative Frequenz untersucht.
3b) Man animiert die negative Frequenz (mit GaussView, Spartan oder Re_ViewLiteratur [3-5]. Das Molekül sollte entlang der Reaktionskoordinate schwingen.
3c) Mit einer IRC (Intrinsic Reaction Coordinate) -Rechnung verifiziert man, daß es sich um den richtigen Übergangszustand handelt. Mit dieser Rechnung kann man feststellen, ob der Übergangszustand tatsächlich Edukt und Produkt verbindet.