Trägt man die potentielle Energie eines Moleküls gegen eine Koordinate (z.B. eine Bindungslänge) auf, so erhält man ein Energieprofil. Berücksichtigt man zwei Koordinaten, kann man die potentielle Energie als Fläche darstellen. Eine Darstellung in Abhängigkeit von drei oder mehr Koordinaten ist anschaulich nicht mehr möglich, man spricht dann von der potentiellen Energiehyperfläche oder Potentialhyperfläche
Ein Ensemble ist eine statistische repräsentative Auswahl von Konformeren aus demKonformationsraum.
Der Konformationsraum eines Moleküls enthält alle möglichen Konformationen.
Die Maxwell-Boltzmann-Gleichung gibt die Geschwindigkeitsverteilung für die Teilchen eines Gases in Abhängigkeit von der Temperatur an.
Die Wahrscheinlichkeit, daß ein Teilchen mit der Masse m die Geschwindigkeit v bei der Temperatur T hat, ist:
Durch die Trajektorie eines Molekülsystems wird die Konformation (Ortskoordinate und Geschwindigkeit der Atome) als Funktion der Zeit beschrieben.