b) Wasserstoffbrücken

Für polare Biomoleküle (Proteine, Nucleinsäuren) sind die zusätzlichen Parameter für Wasserstoffbrückenbindungen wichtig.

Die potentielle Energie wird beschrieben durch das "10-12-Potential", das z.B. im Lernumgebung verlassen AMBER-Kraftfeld implementiert ist.

10-12-Potential  (7)

Cij, Dijsind die Parameter für die Wasserstoffbrücken zwischen Atom i und Atom j (abhängig von den jeweiligen Atomtypen).

vor zur Gesamtsumme der Energie