Für polare Biomoleküle (Proteine, Nucleinsäuren) sind die zusätzlichen Parameter für Wasserstoffbrückenbindungen wichtig.
Die potentielle Energie wird beschrieben
durch das "10-12-Potential", das z.B. im AMBER-Kraftfeld implementiert ist.
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Cij, Dijsind die Parameter für die Wasserstoffbrücken zwischen Atom i und Atom j (abhängig von den jeweiligen Atomtypen).